若要进行亲子鉴定，首先必须明确要鉴定的是哪两位个体之间的亲子关系，如此一来，“亲子鉴定是与父亲做还是与母亲做”这一疑问自然也就有了答案。通常情况下，亲子鉴定以父亲和孩子为鉴定对象的情况较为普遍，但并非**。例如，当母亲担忧孩子在医院被抱错，或是涉及试管婴儿等特殊情况时，选择与母亲进行亲子鉴定同样是合理且可行的，通过鉴定能够明确母亲与孩子之间是否存在亲子关系。

那么，亲子鉴定是否只能与父亲进行呢？答案是否定的。亲子鉴定既可以与父亲进行，也可以与母亲进行，甚至可以同时与父母双方共同开展，具体取决于需要确认的是何种亲子关系。若需鉴定孩子与父亲的关系，父亲自然需参与其中；同理，若要鉴定孩子与母亲的关系，母亲则必须参与。

亲子鉴定在类型上可细分为二联体鉴定与三联体鉴定。二联体鉴定，即仅父母中的一方与孩子进行鉴定；而三联体鉴定，则是父母双方均与孩子一同参与鉴定。至于选择二联体还是三联体亲子鉴定，委托人需根据自身具体需求，并结合相关鉴定机构的要求来做出决定。

尽管在大多数情况下，委托人倾向于选择与父亲进行亲子鉴定，但这主要取决于个人需求，并不意味着亲子鉴定只能与父亲进行。例如，在办理上户口手续时，若户籍部门认为有必要证明父亲、母亲与孩子三人之间的亲子关系，那么就需要提供父母和孩子三方的亲子关系证明，即进行三联体亲子鉴定。